อัยมาน อัล-ซอวาฮิรีเป็นแพทย์ชาวอียิปต์ซึ่งถูกคุมขังในปี 1980 เนื่องจากมีส่วนร่วมในศาสนาอิสลามหัวรุนแรง เขาออกจากอียิปต์หลังจากได้รับการปล่อยตัวและในที่สุดก็ไปตั้งรกรากในอัฟกานิสถานซึ่งเขาได้เข้าร่วมกองกำลังกับอุซามะห์ บิน ลาเดน ซาวาฮิรีถือเป็นสมองในอุดมคติของอัลกออิดะห์ เขาถูกฟ้องในสหรัฐฯ สำหรับบทบาทของเขาในเหตุวางระเบิด
สถานทูตสหรัฐฯ ในเคนยาและแทนซาเนียในเดือนสิงหาคม 2541 เมื่อเดือนสิงหาคม 2541 ซึ่งคร่าชีวิตผู้คนไป 224 รายและบาดเจ็บอีกหลายพันคนเชื่อกันว่าเขาได้วางแผนโจมตีเรือยูเอสเอส โคล เมื่อปี 2543 ซึ่งคร่าชีวิตลูกเรือไป 17 นาย Zawahiri และ Bin Laden ร่วมกันควบคุมการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน 2001 Zawahiri กลายเป็นผู้นำอัลกออิดะห์หลังจากการสังหาร Bin Laden โดยกองกำลังสหรัฐในปากีสถานในทศวรรษต่อมา